แม้ว่าสัตว์เลื้อยคลานจำนวนมากจะอาศัยอยู่ในสภาพแวดล้อมที่แห้งแล้ง เช่น ทะเลทราย ป่าละเมาะ แต่สายพันธุ์ส่วนใหญ่อยู่ในป่า ซึ่งสัตว์จำพวกนี้ต้องทนทุกข์จากภัยคุกคาม ไม่ว่าจะเป็นการตัดไม้ทำลายป่า และการปรับที่ดินเพื่อการเกษตร มีการศึกษาพบว่า 30% ของสัตว์เลื้อยคลานที่อาศัยอยู่ในป่ามีความเสี่ยงสูญพันธุ์ เมื่อเทียบกับ 14% ในแหล่งที่อยู่อาศัยที่แห้งแล้งอย่าง งูจงอาง (Ophiophagus hannah) เป็นสัตว์ที่มีจำนวนลดลงในหลายพื้นที่ในเอเชีย สาเหตุหลักมาจากการสูญเสียป่าอันเป็นถิ่นอาศัย นอกจากนี้การล่าสัตว์ยังเป็นภัยคุกคามที่สำคัญต่อสัตว์เลื้อยคลาน โดยเฉพาะเต่าและจระเข้ หลายชนิดเสี่ยงถึงขั้นสูญพันธุ์ เมื่อเร็วๆ นี้ มีรายงานผลการศึกษาจากหน่วยประเมินความหลากหลายทางชีวภาพขององค์การระหว่างประเทศเพื่อการอนุรักษ์ธรรมชาติ (IUCN) เตือนว่า มากกว่า 1 ใน 5 ของสัตว์เลื้อยคลานทั้งหมดถูกคุกคามและเสี่ยงสูญพันธุ์ ซึ่งอาจส่งผลกระทบร้ายแรงต่อโลก ผู้เชี่ยวชาญ 52 คนวิเคราะห์ข้อมูลจาก Global Reptile Assessment ซึ่งได้รับการสนับสนุนจากนักวิทยาศาสตร์มากกว่า 900 คนใน 6 ทวีป ในช่วง 17 ปีที่ผ่านมา ระบุว่ามีสายพันธุ์กำลังถูกคุกคามอยู่ 1,829 สายพันธุ์ จาก 10,196 สายพันธุ์ แต่ยังไม่สามารถระบุสถานะของอีก 1,489 สายพันธุ์ได้ แต่ก็คาดว่าโดยรวมแล้วมี 21% กำลังถูกคุกคามทั้งนี้ นักวิจัยเผยว่า การกำจัดสัตว์เลื้อยคลานสามารถเปลี่ยน แปลงระบบนิเวศอย่างรุนแรง โดยส่งผลกระทบที่เลวร้าย เช่น แมลงศัตรูพืชเพิ่มขึ้น นั่นก็เพราะความหลากหลายทางชีวภาพซึ่งรวมถึงสัตว์เลื้อยคลาน ถือเป็นตัวสนับสนุนการดูแลของระบบนิเวศที่มอบสภาพแวดล้อมที่ดีต่อมนุษย์.
