เมื่อกำหนดภารกิจของศูนย์อำนวยการบริหารจังหวัดชายแดนภาคใต้เรียบร้อยแล้ว ทาง ศอ.บต.ได้กำหนดโครงสร้างใหม่ดังนี้(1) การบริหารราชการภายในศูนย์อำนวยการบริหารจังหวัดชายแดนภาคใต้ ประกอบด้วยเลขาธิการและให้มีรองเลขาธิการ ศอ.บต.(บริหารสูง) จำนวนเท่ากับกลุ่มภารกิจ นอกจากนั้นยังให้มีผู้ช่วยเลขาธิการ ศอ.บต.(บริหารต้น) ทำหน้าที่ช่วยวิเคราะห์ กลั่นกรองและสนับสนุนการปฏิบัติงานภายใน ศอ.บต.และให้มีผู้อำนวยการส่วนงานภายในที่เกี่ยวข้องทำหน้าที่ประสาน ดำเนินการและบูรณาการระดับพื้นที่จังหวัดชายแดนภาคใต้ตามภารกิจการปฏิบัติงานในพื้นที่จังหวัดชายแดนภาคใต้(2) การพัฒนาระบบประสิทธิภาพการปฏิบัติราชการให้เป็นไปโดยสอดคล้องกับหลักวิชาการและแนวทางการพัฒนาประเทศในปัจจุบัน-อนาคต เพื่อสนับสนุนการปฏิบัติงานแก่เลขาธิการ ศอ.บต.ประกอบด้วย ที่ปรึกษาประจำศอ.บต. (วิชาการทรงคุณวุฒิ) และผู้เชี่ยวชาญเฉพาะด้านการพัฒนา (เชี่ยวชาญ)(3) การพัฒนาระบบการประสานงาน การกำกับ เร่งรัดและติดตามแผนงาน/โครงการ/กิจกรรมของทุกส่วนราชการให้เกิดประโยชน์ต่อประชาชนสูงสุด การแก้ไขปัญหาระดับจังหวัด/อำเภอ/ตำบล/หมู่บ้าน/ชุมชนในจังหวัดชายแดนภาคใต้ และการบูรณาการความร่วมมือการตรวจราชการในพื้นที่จังหวัดชายแดนภาคใต้เพื่อเชื่อมต่อกับกระทรวง ทบวง กรมต่างๆของทุกส่วนราชการ ส่วนราชการระดับภูมิภาค รวมทั้ง หน่วยงานระดับพื้นที่จังหวัดชายแดนภาคใต้ เพื่อให้เป็นระบบราชการไร้รอยต่อ ทั้งนี้ ให้แบ่งส่วนราชการภายใน ศอ.บต.ดังต่อไปนี้(1) กลุ่มพัฒนาระบบบริหาร (2) กลุ่มตรวจสอบภายใน (3) ศูนย์ปฏิบัติการต่อต้านการทุจริต (4) กลุ่มประสานงานคณะรัฐมนตรีและราชการส่วนกลาง (5) สำนักงานเลขาธิการ (6) กองบริหารยุทธศาสตร์การพัฒนาจังหวัดชายแดนภาคใต้ (7) กองส่งเสริมและสนับสนุนงานพัฒนาฝ่ายพลเรือน (8) กองส่งเสริมและสนับสนุนงานพัฒนาเพื่อความมั่นคง (9) สถาบันพัฒนาเจ้าหน้าที่ของรัฐฝ่ายพลเรือนจังหวัดชายแดนภาคใต้ (10) กองประสานและเร่งรัดการพัฒนาพื้นที่พิเศษจังหวัดชายแดนภาคใต้ (11) กองประสานงานโครงการอันเนื่องมาจากพระราชดำริและกิจการพิเศษแต่ละหน่วยงานใน ศอ.บต.นี้มีการแยกแยะอำนาจหน้าที่เอาไว้อย่างชัดเจน มีประเด็นที่น่าสนใจเป็นพิเศษคือการให้ความสำคัญกับ การส่งเสริม คุ้มครองจริยธรรม ใน ศอ.บต. โดยมีหน่วยงานรับผิดชอบขึ้นตรงต่อเลขาธิการศอ.บต.โดยมีอำนาจหน้าที่ดังต่อไปนี้(1) เสนอแนะมาตรการ/แนวทาง เกี่ยวกับการป้องกันและปราบปรามการทุจริตและประพฤติมิชอบของส่วนราชการแก่เลขาธิการ ศอ.บต. รวมทั้งจัดทำแผนปฏิบัติการป้องกันและปราบปรามการทุจริตและประพฤติมิชอบของส่วนราชการ ให้สอดคล้องกับยุทธศาสตร์ว่าด้วยการป้องกันและปราบปรามการทุจริตภาครัฐ และนโยบายของรัฐบาลที่เกี่ยวข้อง (2)ประสาน เร่งรัด และกำกับให้หน่วยงานในสังกัดดำเนินการตามแผนปฏิบัติการป้องกันและปราบปรามการทุจริตและประพฤติมิชอบของส่วนราชการ(3)ดำเนินการเกี่ยวกับข้อร้องเรียนการทุจริต การปฏิบัติ หรือการละเว้นการปฏิบัติหน้าที่โดยมิชอบของเจ้าหน้าที่ในส่วนราชการ (4)คุ้มครองจริยธรรมตามประมวลจริยธรรมข้าราชการพลเรือน (5)ประสานงานที่เกี่ยวข้องกับการป้องกันและปราบปรามการทุจริตและประพฤติมิชอบและการคุ้มครองจริยธรรมกับหน่วยงานที่เกี่ยวข้อง (6) ติดตาม ประเมินผล และจัดทำรายงานการป้องกันและปราบปรามการทุจริตและประพฤติมิชอบของส่วนราชการและการคุ้มครองจริยธรรมเสนอหัวหน้าส่วนราชการและหน่วยงานที่เกี่ยวข้อง (7)ปฏิบัติงานร่วมกับ หรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้อง หรือที่ได้รับมอบหมายจึงหยิบยกมาเป็นตัวอย่างในการปรับโครงสร้างของส่วนราชการอื่นๆ ในอนาคต.ศอ.บต.ปรับตัว (1)ศอ.บต.ปรับตัว (2)“ซี.12”
