เมื่อวันที่ 3 พ.ย.64 ในการประชุมสภา กทม. สมัยประชุมสามัญ สมัยที่ 4 ครั้งที่ 2 ประจำปี 2564 ที่อาคารไอราวัตพัฒนา ศาลาว่าการ กทม. 2 นายธีระศักดิ์ ง่วนบรรจง สมาชิกสภา กทม.ได้เสนอญัตติขอให้ กทม. รายงานความคืบหน้าการบริหารจัดการและแนวทางการจัดเก็บค่าโดยสารรถไฟฟ้าสายสีเขียวช่วงหมอชิต-สะพานใหม่-คูคต และช่วงแบริ่ง-สมุทรปราการนายชยาวุธ ศิริยุทธ์วัฒนา สมาชิกสภา กทม. อภิปรายว่า บีทีเอส ได้ยื่นฟ้องต่อศาลปกครองกลาง กรณีที่ กทม.ค้างค่าจ้างเดินรถโครงการรถไฟฟ้าสายสีเขียวช่วงหมอชิต-สะพานใหม่-คูคต และช่วงแบริ่ง-เคหะสมุทรปราการ รวม 1.2 หมื่นล้านบาท โดย กทม.เป็นจำเลยที่ 1 และเคทีเป็นจำเลยที่ 2 โดยมูลหนี้ดังกล่าวยังไม่รวมค่าติดตั้งระบบอาณัติสัญญาณทั้ง 2 ช่วงอีก 3 หมื่นล้านบาท ซึ่งหากยังไม่แก้ปัญหา อาจจะเป็นดินพอกหางหมู กทม.ควรแก้ปัญหาโดยการประกาศจัดเก็บอัตราค่าโดยสารชั่วคราว ระหว่างที่รอให้การต่อสัญญาสัมปทานสายสีเขียวผ่าน ครม.เพื่อป้องกันไม่ให้ภาระหนี้มากกว่านี้ทั้งนี้ ที่ประชุมได้อภิปรายกันอย่างกว้างขวาง โดยส่วนใหญ่เห็นด้วยให้ประกาศอัตราจัดเก็บอัตราค่าโดยสาร เพราะอย่างน้อยแสดงให้เห็นว่าฝ่ายบริหารไม่ได้ละเว้นการปฏิบัติหน้าที่เรื่องการจัดเก็บค่าโดยสาร ขณะที่ ส.ก.บางคนเสนอให้คืนโครงการดังกล่าวให้รัฐบาลไปดำเนินการเองด้านนายสกลธี ภัททิยกุล รองผู้ว่าฯ กทม. กล่าวว่า ในการพิจารณาแนวทางการจัดเก็บค่าโดยสาร ภายหลังที่โครงการรถไฟฟ้าสายสีเขียวส่วนต่อขยายได้เปิดให้บริการช่วงสถานีแบริ่ง-สถานีสำโรง เมื่อวันที่ 3 เม.ย.60 และเปิดให้บริการถึงสถานีเคหะสมุทรปราการ เมื่อวันที่ 6 ธ.ค.61 กทม.ได้มีการเสนอการเก็บค่าโดยสารในอัตราค่าโดยสาร 15-21 บาท แต่เนื่องจากมีการร้องเรียนจากประชาชนเกี่ยวกับการเก็บค่าแรกเข้าซ้ำซ้อน จึงทำให้อยู่ระหว่างการทบทวนโครงสร้างอัตราค่าโดยสารที่เหมาะสม จากนั้นโครงการรถไฟฟ้าสายสีเขียวส่วนต่อขยายที่ 2 ได้เปิดให้บริการต่อเป็นช่วงๆ จนเปิดถึงสถานีคูคตเมื่อวันที่ 16 ธ.ค.63ขณะที่ กทม.ได้พิจารณาโครงสร้างค่าโดยสารและออกประกาศกรุงเทพมหานคร เรื่องการกำหนดค่าโดยสารโครงการรถไฟฟ้าสายสีเขียว รวมถึงช่วงหมอชิต-สะพานใหม่-คูคต และช่วงแบริ่ง-สมุทรปราการ ในอัตราสูงสุด 104 บาท ตั้งแต่วันที่ 16 ก.พ.64 เป็นต้นไป แต่ได้รับการร้องเรียนขอให้ทบทวน ผู้ว่าฯ กทม.จึงให้เลื่อนการจัดเก็บค่าโดยสารโครงการรถไฟฟ้าสายสีเขียวออกไปก่อน.