หลังจากการยึดอำนาจ เมื่อวันที่ 22 พฤษภาคม 2557 คณะรัฐประหารคสช.อ้างว่าจะเข้ามาขจัดความขัดแย้งในสังคม และสร้างความปรองดองในชาติ แต่รัฐบาล คสช.กลับกลายเป็นคู่ขัดแย้งเสียเอง และน่าเป็นห่วงว่าจะไม่ขัดแย้งเฉพาะในอาณาจักร แต่อาจลามไปถึงสังฆมณฑล ไม่ทราบว่ารัฐบาลจะรู้เรื่องราวหรือไม่นั่นก็คือการที่มหาเถรสมาคม (มส.) องค์กรปกครองสูงสุดของคณะสงฆ์ได้สั่งปลดพระสังฆาธิการระดับเจ้าคณะจังหวัด พร้อมกันถึง 3 รูป 3 จังหวัด อันได้แก่ เจ้าคณะจังหวัดปทุมธานี เจ้าคณะจังหวัดฉะเชิงเทรา และเจ้าคณะจังหวัดกาฬสินธุ์ (ธรรมยุต) มีคณะศิษยานุศิษย์เข้าชื่อคัดค้านกว่า 1.3 แสนชื่อคณะศิษย์เจ้าคุณบัวศรี เจ้าคณะจังหวัดกาฬสินธุ์ แถลงว่าท่านเจ้าคุณถูกสั่งปลดจากตำแหน่ง โดยไม่ชี้แจงเหตุผลจาก มส. และสำนักงานพระพุทธศาสนาแห่งชาติ (พศ.) คณะศิษย์จึงเข้าชื่อร้องต่อคณะกรรมาธิการของสภาผู้แทนราษฎรเพื่อให้ตรวจสอบและติดตามข้อเท็จจริงให้ชัดเจน และประกาศพร้อมปกป้องเจ้าคุณบัวศรีต่อไปนับแต่รัฐบาล คสช. ยึดอำนาจการปกครองประเทศ มีเรื่องราวอื้อฉาวอย่างน้อยหนึ่งเรื่องเกิดขึ้นในวงการคณะสงฆ์ มีการกล่าวหาพระราชาคณะและเจ้าคณะผู้ปกครองคณะสงฆ์หลายรูป ถูกกล่าวหามีส่วนร่วมทุจริต “เงินทอนวัด” ถูกจับสึกดำเนินคดีหลายรูป ส่วนใหญ่พระที่ถูกกล่าวหาไม่ได้จงใจทำผิดแต่เป็นการชักชวนหรือจูงใจ โดยข้าราชการระดับสูงของ พศ. เข้าไปติดต่อพระระดับเจ้าอาวาสตามจังหวัดต่างๆ และเสนอว่ามีงบประมาณบำรุงพระพุทธศาสนา อาจเป็นวัดละ 10 ล้านบาท หรือมากกว่านั้น พศ.จะมอบให้วัดแต่ขอ “เงินทอน” 5 ล้านบาท หรือมากกว่านั้น ทำให้พระต้องตกเป็นผู้ต้องหาทุจริตด้วยหลังการเปลี่ยนแปลงการปกครอง 2475 รัฐบาลคณะราษฎรออกกฎหมายปกครองคณะสงฆ์ เลียนแบบรัฐบาล โดยยกเลิกระบบการปกครองโดยมหาเถรสมาคม ที่ใช้มาตั้งแต่รัชกาลที่ 5 เปลี่ยนเป็นสมเด็จพระสังฆราชทรงเป็นประมุข มีสังฆนายกและคณะสังฆมนตรีเป็นผู้บริหาร แต่ถูกรัฐบาลเผด็จการที่มาจากรัฐประหารสั่งยกเลิก กลับไปใช้ระบบมหาเถรสมาคมอีกครั้ง จนถึงรัฐบาลปัจจุบันเป็นรัฐบาลที่มาจากรัฐประหาร ที่ยึดมั่นในระบอบอำนาจนิยม แต่รัฐคงจะไม่ขยายระบอบอำนาจนิยม เข้าสู่การปกครองคณะสงฆ์ หวังว่าการปกครองคณะสงฆ์จะยึดพระธรรมวินัย เป็นหลักใหญ่ เรียกว่า “ธรรมาธิปไตย”.
