อดีตประธานศาลรัฐธรรมนูญรู้สึกผิดหวังและตกใจ หลังจากอ่านคำวินิจฉัยของศาลรัฐธรรมนูญ ให้กรรมการ ป.ป.ช. ที่มีลักษณะต้องห้าม ตามรัฐธรรมนูญใหม่ ปฏิบัติหน้าที่ต่อไปจนครบวาระ (9 ปี) โดยไม่ถือว่าขัดหรือแย้งต่อรัฐธรรมนูญ และเปิด เผยว่าเคยอภิปรายในการประชุม สนช.ว่าการเขียนกฎหมายลูกต้องไม่ขัดกฎหมายแม่ มิฉะนั้นจะกลายเป็นกฎหมายลูกทรพี
อดีตประธานศาลรัฐธรรมนูญท่านนี้ คือ นายสุพจน์ ไข่มุกด์ ปัจจุบันเป็นรองประธานคณะกรรมการร่างรัฐธรรมนูญ กล่าวว่า การที่ศาลรัฐธรรมนูญวินิจฉัยเช่นนี้ จะมีผลประโยชน์ หรือเกี่ยวข้องกับการใช้ ม.44 ต่ออายุให้ตุลาการศาลรัฐธรรมนูญหรือไม่ แต่เรื่องนี้จะกลายเป็นบรรทัดฐานของสังคม และการเขียนกฎหมายในอนาคตให้บุคคลต้องห้ามดำรงตำแหน่งองค์กรอิสระได้
ในขณะที่นายสมชัย ศรีสุทธิยากร กรรมการ กกต. ตั้งข้อสังเกตว่า สนช.ต่ออายุ ป.ป.ช. ศาลรัฐธรรมนูญ และผู้ตรวจการแผ่นดิน ให้ดำรงตำแหน่งต่อไปจนครบวาระ แต่โละทิ้งกรรมการ กกต. และคณะกรรมการสิทธิมนุษยชนแห่งชาติ ศาลรัฐธรรมนูญมี ตุลาการที่ครบวาระแล้ว 5 คน ขาดคุณสมบัติอีก 3 คน “ต่อไปนี้ ใครจะเชื่อว่าองค์กรอิสระจะเป็นอิสระจริง”
เท่ากับวิจารณ์ว่า สนช. ทำหน้าที่แบบเลือกปฏิบัติ เลือกที่จะโละกรรมการบางองค์กรเพื่อสรรหาและแต่งตั้งใหม่ แต่ต่ออายุให้บางองค์กรให้อยู่ต่อจนครบวาระ ทั้งๆที่มีปัญหาคุณสมบัติและต้องห้ามเหมือนกัน เรื่องที่น่ากังวลคือ สนช. มาจากการแต่งตั้งของ คสช.มีอำนาจแต่งตั้งองค์กรอิสระ ถ้า คสช. ต้องการให้ตั้งหรือไม่ตั้งใครจะกระซิบบอก สนช.ได้หรือไม่
เหตุผลสำคัญที่คณะผู้ร่างรัฐธรรมนูญ 2540 ให้กำเนิดศาลรัฐธรรมนูญและองค์กรอิสระเป็นครั้งแรก เพราะที่ผ่านๆมาหน่วยงานตรวจสอบตามปกติ เช่น ตำรวจไม่สามารถตรวจสอบการทุจริตโกงกินของนักการเมืองและผู้ดำรงตำแหน่งระดับสูงอย่างตรงไปตรงมาและมีประสิทธิภาพ ตำรวจและอัยการสมัยก่อนเป็นผู้ใต้บังคับบัญชารัฐบาล
...
แม้ในยุคที่มีองค์กรตรวจสอบอิสระ แต่รัฐบาลที่มาจากเลือกตั้งบางชุดยังสามารถเข้าแทรกแซงและครอบงำองค์กรอิสระได้ โดยผ่านทางวุฒิสภาซึ่งเป็นผู้แต่งตั้งองค์กรอิสระเหมือนกับ สนช.ในปัจจุบัน ผู้นำทางการเมืองบางคนคุยว่าองค์กรอิสระบางองค์กรเป็น “ของเรา” กลายเป็นเหตุทำให้กรรมการองค์กรอิสระบางแห่งต้องรับกรรมติดคุกเมื่อแก่
แต่ คสช.ไม่จำเป็นต้องเข้าไปแทรกแซง สนช. เพราะเป็น 1 ในแม่นํ้าห้าสายของ คสช. อยู่แล้ว รัฐบาลใดที่ควบคุมองค์กรอิสระได้ จะไม่ถูกตรวจสอบการทุจริตโกงกิน ไม่ใช่โกงกินแค่เงินแผ่นดิน โกงอำนาจก็ได้ ซึ่งน่าจะเป็นสุดยอดของการทุจริต ซํ้ายังทำลายระบบตรวจสอบและถ่วงดุลอำนาจ เสาหลักสำคัญของประชาธิปไตยและทำลายประชาธิปไตยได้.