แม้จะปลูกไม่ยากนัก แต่ฝ้ายมักจะมีโรคแมลงรุมเร้าค่อนข้างมาก ที่สำคัญเมื่อนำมาทำเป็นเส้นใยก่อนนำมาทำเครื่องนุ่งห่ม ต้องผ่านกระบวนการฟอกย้อมสี ก่อให้เกิดปัญหามลภาวะตามมา