ปานามาเคยเป็นคาบสมุทรเมื่อ 18.5-19 ล้านปีก่อน ภูมิประเทศเป็นภูเขาไฟถูกปกคลุมไปด้วยป่าเขตร้อนในอเมริกาเหนือ และแยกออกจากอเมริกาใต้โดยทะเลในอเมริกากลาง ในขณะที่ป่าเหล่านี้มีสัตว์จากอเมริกาเหนืออาศัยอยู่ ทว่าพืชส่วนใหญ่สืบเชื้อสายมาจากพืชเขตร้อนของอเมริกาใต้ที่กระจายมาตามท้องทะเล