ในเรื่องของประสิทธิภาพของวัคซีนนั้นจำเป็นที่ต้องมีการติดตามอยู่อย่างเคร่งครัดทุกระยะทั้งนี้เนื่องจากการประเมินในระยะต้นเป็นการประเมินในจำนวนผู้ติดเชื้อไม่มากนักและแยกออกมาว่าผู้ติดเชื้อเหล่านั้นได้รับวัคซีนหรือไม่ โดยจะออกมาเป็นตัวเลขตั้งแต่ 60% จนกระทั่งถึง 97% เป็นต้นซึ่งอาจจะไม่ใช่เป็นตัวเลขซึ่งสะท้อนให้เห็นสภาพการเป็นจริงเมื่อนำมาใช้เป็นล้านๆ คน นอกจากนั้น เชื้อในแต่ละท้องถิ่นแม้ว่าจะอยู่ในประเทศเดียวกันหรืออยู่ต่างประเทศต่างทวีปจะมีลักษณะเบี่ยงเบนออกไปเรื่อยๆ ดังที่มีการวิเคราะห์จากของ GISAID และ Los Alamos เป็นต้นในเรื่องของปฏิกิริยาไม่พึงประสงค์ ที่เกี่ยวเนื่องกับวัคซีนเองนั้นจะมีตั้งแต่เกิดขึ้นทันที ทันใดในระยะเวลาเป็นนาทีหรือเป็นชั่วโมงและต่อเนื่องไปจนกระทั่งถึงสองเดือน ทั้งนี้เนื่องจากกลไกของการแพ้จะมีหลายกลไกที่เกิดขึ้นเฉียบพลัน (anaphylaxis) จะประกอบไปด้วยตั้งแต่ผื่นแพ้ลมพิษมีอาการบวมอาการคันของผิวหนังและผลกระทบต่อระบบความดันของเลือดทำให้ความดันตกจนกระทั่งถึงช็อก...มีหัวใจเต้นเร็วและทำให้ถึงกับซึมหรือหมดสติและผลกระทบต่อระบบทางเดินหายใจโดยทำให้มีกล่องเสียงบวมทำให้หายใจไม่เข้าหรือทำให้หลอดลม สปาสซึมเหมือนคนที่เป็นโรคหอบหืดและรวมกระทั่งถึงมีลิ้นริมฝีปาก เยื่อช่องปากบวม และแม้กระทั่งมีอาการผิดปกติทางด้านกระเพาะอาหารและลำไส้ โดยมีคลื่นไส้ อาเจียน ปวดท้อง ท้องเสียทั้งนี้ ตาม Brighton collaboration case definition criteria for anaphylaxis การแพ้ที่เกิดขึ้นในระยะเวลาที่เนิ่นนานออกไปนั้น จะสามารถกระทบได้ที่สำคัญคือ ระบบประสาท ทั้งที่เกิดขึ้นที่ไขสันหลัง เกิดอักเสบและทำให้มีอัมพาตของขาและอาจทำให้ไม่สามารถปัสสาวะหรือขับถ่ายได้ เกิดขึ้นกับเส้นประสาทเส้นเดี่ยวเช่นทำให้เส้นประสาทใบหน้าอักเสบ มีอัมพาตของใบหน้าครึ่งซีก หรือมีเส้นประสาทอักเสบทั้งตัว ทำให้เกิดแขนขาอ่อนแรงและถ้าเป็นมากทำให้หายใจไม่ได้ เกิดกลุ่มอาการ Guillain Barre syndrome เป็นต้น นอกจากนั้นยังรวมอาการที่เกิดขึ้น ที่ก่อให้เกิดมีไตอักเสบหรือกระทบต่อกล้ามเนื้อ เนื้อเยื่อพังผืดข้ออักเสบและผิวหนังมีผื่นบวมเกิดขึ้น และอื่นๆ ในส่วนของวัคซีนไฟเซอร์นั้น จากรายงานของศูนย์ควบคุมและป้องกันโรคสหรัฐฯ ของผู้ที่ได้รับวัคซีนระหว่างวันที่ 14 ธันวาคมถึง 23 ธันวาคมปี 2020 โดยมีการให้วัคซีนเข็มแรกไป 1,893,360 รายและมีรายงานการแพ้เป็นจำนวน 4,393 ราย คิดเป็น 0.2% โดยผ่านทางระบบที่เรียกว่า VAERS (Vaccine adverse event reporting system) โดยที่ในจำนวนนี้มี 175 ราย ที่จัดเป็นปฏิกิริยาแพ้อย่างรุนแรง ซึ่งรวมถึงแบบ anaphylaxis ที่ได้กล่าวไป มีจำนวน 21 ราย และมีอายุเฉลี่ยอยู่ที่ 40 ปี (27-60 ปี) และ 90% เป็นสตรี ทั้งนี้สตรีดูเหมือนจะแพ้วัคซีนได้ง่าย ดังที่ปรากฏในตอนที่ได้รับวัคซีนไข้หวัดใหญ่สายพันธุ์ใหม่ 2009ระยะเวลาที่ได้รับวัคซีนจนกระทั่งเกิดอาการอยู่ในช่วง 13 นาที โดยอยู่ในเวลาตั้งแต่ 2 นาทีจนกระทั่งถึง 150 นาที ทั้งนี้ 71.4% จะเกิดอาการขึ้นภายใน 15 นาทีและมี 14.3% เกิดอาการขึ้นระหว่าง 15 ถึง 30 นาทีและ 14.3% เกิดขึ้นหลัง 30 นาที 90% ของผู้ป่วยเหล่านี้ได้รับการฉีด epinephrineซึ่งเป็นการฉีดเพื่อรักษาและบรรเทาอาการแพ้อย่างรุนแรงที่กระทบต่อความดันรวมกระทั่งถึงการที่หลอดลมตีบหายใจไม่เข้า และไม่มีผู้ใดเสียชีวิตผู้ป่วย 17 ใน 21 ราย หรือคิดเป็น 81% มีประวัติแพ้ต่อยา อาหาร หรือถูกแมลงต่อย และในเจ็ดราย หรือ 33% เคยมีประวัติแพ้อย่างรุนแรงในอดีต โดยที่หนึ่งราย แพ้วัคซีนโรคพิษสุนัขบ้าและอีกหนึ่งราย แพ้วัคซีนไข้หวัดใหญ่สายพันธุ์ใหม่ 2009ผู้ที่แพ้จะได้รับวัคซีนที่ต่างลอตกัน และมีการรายงานทยอยเข้ามาเรื่อยๆ ถึงปฏิกิริยาที่อาจจะไม่รุนแรงนักภายในช่วงหนึ่งวัน หลังจากได้รับวัคซีน โดยมีอาการผื่นคัน หรือมีความรู้สึกผิดปกติในลำคอ หรือมีอาการทางระบบทางเดินหายใจแต่ไม่มาก และรายงานในช่วงแรก พบว่ามีกล้ามเนื้อใบหน้าครึ่งซีกอ่อนแรง เป็นจำนวนสามใน 30,000 ราย และสี่ใน 40,000 ราย ของผู้ที่ได้รับวัคซีนไฟเซอร์และของโมเดนาในขณะเดียวกันมีการรายงานผู้เสียชีวิตจากการได้รับวัคซีนไฟเซอร์สองราย โดยเป็นพยาบาลที่ประเทศโปรตุเกสและเป็นหมอในสหรัฐฯเอง โดยที่รายสุดท้ายนี้ มีเกล็ดเลือดต่ำผิดปกติและทำให้เลือดออกง่าย โดยอาการเริ่มปรากฏสามวันหลังจากที่ได้รับวัคซีนเข็มแรกโดยมีจุดเลือดออกที่เท้าและฝ่ามือการตรวจเลือดพบว่า ไม่มีเกล็ดเลือดเหลืออยู่ในตัวเลยจากที่ควรจะมีในปริมาณ 150,000 ถึง 450,000 ตัวต่อไมโครลิตร และได้รับเข้ารักษาตัวในห้องผู้ป่วยอาการวิกฤติทั้งนี้วัคซีนกลับกระตุ้นการสร้างภูมิคุ้มกันต่อเกล็ดเลือดและอาจจะมีต่อเซลล์ต้นกำเนิดของเกล็ดเลือดที่อยู่ในไขกระดูกด้วย และเกล็ดเลือดเหล่านี้จะถูกกำจัดออกโดยม้ามและตับของตนเอง ผู้ป่วยรายนี้ได้รับการรักษาอยู่สองสัปดาห์แต่ในที่สุดเสียชีวิตเนื่องจากมีการตกเลือดในสมองผลข้างเคียงเหล่านี้ ถ้าดูตามสถิติแล้วน่าจะไม่มากนัก แต่จำเป็นต้องมีความระมัดระวังสูงสุดเพราะเมื่อมีการติดเชื้อโควิด-19 ไม่ได้หมายความว่าทุกคนจะมีอาการหนักหรือถึงกับเสียชีวิต ทั้งนี้ 80% หรือมากกว่าจะหายเองด้วยซ้ำ โดยที่ไม่ได้รับการรักษาใดๆ นอกจากนั้นมีความจำเป็นที่จะต้องติดตามว่าผู้ที่ได้รับวัคซีนในระยะต่อไป เมื่อไวรัสมีการปรับเปลี่ยนรูปแบบหน้าตาออกไป ระบบภูมิคุ้มกันที่ได้รับจากวัคซีนจะไม่สามารถยับยั้งไวรัสได้โดยจะเป็นเพียงแค่จับไวรัสไว้หลวมๆ และดึงไวรัสเข้าไปในเซลล์อักเสบทำให้มีการกระตุ้นการสร้างสารอักเสบปล่อยออกมามากมายและทำให้อาการกลับเลวกว่าที่ไม่ได้วัคซีนหรือไม่ การรักษาวินัยเข้มงวด ใส่หน้ากากป้องกันใบหน้า ดวงตา จมูก ปาก ล้างมือเมื่อไปสัมผัสพื้นผิวอะไรก็ตาม และรักษาระยะห่าง ต้องปฏิบัติอย่างสม่ำเสมอไม่ว่าจะมีหรือยังไม่มีวัคซีนก็ตามเพราะถึงได้รับวัคซีนไปแล้ว ไม่ได้หมายความว่าวัคซีนจะป้องกันโรคได้ 100% วัคซีนไข้หวัดใหญ่ที่ใช้กันมานานหลาย 10 ปีมีประสิทธิภาพตั้งแต่ 30% ถึง 60% เท่านั้น.หมอดื้อ
