ตามที่กลุ่มที่ประชุมคณะกรรมการอธิการบดีมหาวิทยาลัยเทคโนโลยีราชมงคล (ทปอ.มทร.) แสดงความคิดเห็นเกี่ยวกับประกาศกระทรวงวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี (วท.) เรื่อง กำหนดหน่วยงานอื่นของรัฐที่อยู่ในกำกับของฝ่ายบริหาร โดยในประกาศฉบับนี้มีการกำหนดหน่วยงาน 46 หน่วยงานอยู่ในกำกับประกาศฉบับนี้ แต่ไม่มีรายชื่อของมหาวิทยาลัยในกลุ่ม มทร.และกลุ่มมหาวิทยาลัยราชภัฏ (มรภ.) ซึ่งอาจจะตีความได้ว่า กลุ่ม มทร.และ มรภ.จะหมดสิทธิที่จะของบประมาณโดยตรงจาก วท. เพื่อสร้างนวัตกรรมนั้น
นพ.ธีระเกียรติ เจริญเศรษฐศิลป์ รมว.ศึกษาธิการ กล่าวว่า ตนคิดยังมีอีกหลายหน่วยงานที่ไม่ได้ปรากฏรายชื่อในประกาศฉบับนี้ เช่น สำนักงานคณะกรรมการการอาชีวศึกษา (สอศ.) เป็นต้น และเรื่องนี้เป็นอำนาจของทาง วท.ที่จะพิจารณา ดังนั้น ตนจึงไม่ทราบเหตุผลการพิจารณาหน่วยงานของ วท. ส่วนตัวเห็นหน่วยงานอย่างสำนักงานเลขาธิการคุรุสภา และสำนักงานคณะกรรมการส่งเสริมสวัสดิการและสวัสดิภาพครูและบุคลากรทางการ ศึกษา (สกสค.) มีชื่ออยู่ในประกาศดังกล่าวด้วยยังรู้สึกแปลกใจ แต่คิดว่าอย่าไปวิตกกังวลในเรื่องนี้ เพราะการออกประกาศกระทรวงฯ สามารถมีการประกาศกำหนดหน่วยงานอื่นเพิ่มเติมได้.