ตามที่ร่าง พ.ร.บ.การอุดมศึกษา พ.ศ. ...กำหนดโครงสร้างกระทรวงการอุดมศึกษา โดยให้ปลัดกระทรวงอุดมฯต้องเคยเป็นอธิการบดี คณบดี ใน มหาวิทยาลัยมาก่อนนั้น ดร.สุภัทร จำปาทอง เลขาธิการคณะกรรมการการอุดมศึกษา (กกอ.) ให้สัมภาษณ์ว่า หากมีการประกาศใช้ตนอาจจะถูกโยกไป สำนักนายกรัฐมนตรี หรือที่ใดในตำแหน่งที่เท่ากัน เนื่องจากคุณสมบัติของตนไม่ตรงตามเกณฑ์ดังกล่าว ซึ่งตนก็ไม่ได้รู้สึกกังวล เพราะปัจจุบันการอุดม ศึกษาไทยขับเคลื่อนผ่านคนสองกลุ่ม คือ กกอ. และคณะกรรมการข้าราชการพลเรือนในสถาบันอุดมศึกษา (ก.พ.อ.) ซึ่งกรรมการส่วนมากก็มาจากมหาวิทยาลัย และมีผู้ทรงคุณวุฒิจำนวนมาก แต่ก็ถูกมองว่าไม่เคยบริหารงานจะมา บริหารมหาวิทยาลัยได้อย่างไร

ผู้สื่อข่าวถามว่า โครงสร้างใหม่จะทำให้ผู้ที่มาจากสำนักปลัดไม่สามารถขึ้นเป็นปลัดกระทรวงการอุดมฯใช่หรือไม่ ดร.สุภัทรกล่าวว่า ตนไม่ขอตอบ คำถามนี้ แต่จากประสบการณ์ของตน ซึ่งเคยทำงานอยู่ในกรมการฝึกหัดครู ซึ่งมีวิทยาลัยครูในกำกับ36 แห่ง ข้าราชการในกรมการฝึกหัดครูกับข้าราชการในวิทยาลัยครูจะสามารถโยกย้ายสลับไปมาได้ แต่ในระบบมหาวิทยาลัยไม่เคยทำ ทั้งที่สามารถทำได้ อย่างไรก็ตามตำแหน่งปลัดกระทรวงจะเป็นข้าราชการระดับ 11 หากเป็นไปตามเกณฑ์ดังกล่าว ก็อาจจะทำให้เกิดปัญหาในการหาคนมาดำรงตำแหน่ง.