ผู้สื่อข่าวรายงานว่า หลังจากศูนย์ราชการเฉลิมพระเกียรติ 80 พรรษา 5 ธันวาคม 2550 เปิดให้ใช้บริการเมื่อเร็วๆ นี้ ล่าสุด แหล่งข่าววงในจากหน่วยงานที่เข้าใช้ศูนย์ดังกล่าวแจ้งว่า ขณะนี้ระบบไอทีภายในมีปัญหาหลายอย่าง อาทิ การเชื่อมต่ออินเทอร์เน็ต ระบบข้อมูลส่วนกลาง ระบบแลน ส่วนโทรศัพท์นั้น ใช้โทรออกได้เฉพาะหมายเลขภายในเท่านั้น ทำให้ก่อให้เกิดความเสียหายต่อการดำเนินงานหลายอย่าง

นายจีรศักดิ์ พงษ์พิษณุพิจิตร์ ประธานกรรมการ(บอร์ด) บริหาร สำนักงานส่งเสริมอุตสาหกรรมซอฟต์แวร์แห่งชาติ (องค์การมหาชน)หรือ ซิป้า กล่าวว่า ได้ยินกรณีดังกล่าวมาบ้าง แต่ยังไม่ได้ตรวจสอบข้อเท็จจริง เนื่องจาก ส่วนตัวยังไม่ได้ย้ายเข้าไปทำงานที่ศูนย์ราชการ อย่างไรก็ตาม ถ้ากรณีดังกล่าวเป็นความจริง กระทรวงไอซีทีต้องเร่งดำเนินงานอย่างเร็วที่สุด เพราะสร้างความเสียหายแก่หน่วยงานทุกภาคส่วน

“ปัญหาดังกล่าวอาจเป็นไปได้ แต่ยังไม่ได้รับรายงาน เพราะยังไม่ได้ย้ายเข้าไปทำงานที่นั่น แต่ได้ยินข่าวว่าระบบไอทีภายในมีปัญหา หากตรวจสอบแล้วพบว่าข้อมูลดังกล่าวเป็นความจริง กระทรวงไอซีทีต้องเร่งแก้ไขอย่างเร็วที่สุด เพราะสร้างความเสียหายแก่หลายหน่วยงาน” ปธ.บอร์ดซิป้า กล่าว

รายงานข่าวแจ้งอีกว่า ศูนย์ราชการฯ ตั้งอยู่ที่ถนนแจ้งวัฒนะ เป็นสถานที่ที่รวมหน่วยงานราชการต่างๆ ไว้ในที่เดียวกัน รวมทั้งสิ้น 29 หน่วยงาน เช่น กระทรวงเทคโนโลยีสารสนเทศและการสื่อสาร หรือไอซีที กระทรวงยุติธรรม กระทรวงการต่างประเทศ และสำนักงานตำรวจแห่งชาติเป็นต้น โดยมีแนวคิดในการบริหารพื้นที่ราชพัสดุ และทรัพยากรของราชการร่วมกันเพื่อให้เกิดประโยชน์สูงสุด

รายงานข่าวแจ้งด้วยว่า เป็นที่น่าสงสัยว่า ปัญหาดังกล่าวอาจเกิดจากการวางระบบแลนตั้งแต่แรก หรือความไม่พร้อมของระบบการติดตั้ง แต่หน่วยงานหลายแห่งย้ายเข้ามาใช้แล้ว ขณะที่กระทรวงไอซีทีในฐานะหน่วยงานยังนิ่งเฉยอยู่